Bij jonge kinderen kan de behandeling bij een hormonale afwijking bestaan ​​uit injecties van: Testosteron, waarvan de dosering en regelmaat worden bepaald door de endocrinoloog. Deze goed gevolgde behandeling vergroot de grootte van de penis. Wanneer de micropenis wordt veroorzaakt door weefsels van de penis die ongevoelig zijn voor testosteron, heeft deze hormonale behandeling geen effect.

Hoe eerder de micropenis wordt gedetecteerd, hoe sneller de behandeling wordt uitgevoerd, hoe effectiever deze zal zijn. Behandeling kan ook nodig zijn rond de puberteit. Na de puberteit is hormonale behandeling niet meer effectief omdat de weefsels niet meer op dezelfde manier reageren.

Chirurgische behandeling van de micropenis     

Op volwassen leeftijd, wanneer de micropenis niet is behandeld of wanneer de behandeling niet voldoende effectief is geweest, chirurgie is mogelijk. Het levert echter niet altijd overtuigende resultaten op.

Het gedeelte van het ligament opschortend van de penis, die van de penis naar het schaambeen gaat, kan worden aangeboden. Het wijzigt de penis op geen enkele manier, maar maakt het gedeeltelijk los van het schaambeen, waardoor het langer lijkt. De waargenomen winst is 1 tot 2 cm in slappe toestand en 1,7 cm in erectie. Deze verlenging gaat ten koste van een onstabiele penis in erectie, omdat deze minder goed vastzit aan het schaambeen, wat penetratie minder gemakkelijk kan maken.

HETautologe vetinjectie omvat het injecteren van het vet van de proefpersoon onder de huid van zijn penis. Dit verlengt de penis op geen enkele manier, maar maakt hem visueel dikker. Slechts een deel van het aangebrachte vet wordt na verloop van tijd niet door het lichaam opgenomen (10 tot 50% afhankelijk van het onderwerp). De resorptie kan ongelijkmatig zijn en leiden tot een "rozenkrans" penisuiterlijk.

De micropenis kan aanzienlijke psychologische gevolgen hebben, vooral tijdens de adolescentie is het belangrijk dat de persoon wordt geholpen en dat er rekening wordt gehouden met zijn twijfels.